L'anoscopia è eseguita dal medico, inserendo un dispositivo detto anoscopio nell'ano del paziente.
Tale dispositivo in genere è fatto di materiale plastico e sterilizzato e permette al medico di avere le immagini del tessuto dell'area rettale. Il tubo sarà lubrificato dal medico prima di essere inserito.
Durante la procedura, il medico potrebbe chiedere al paziente di irrigidire e rilassare i muscoli interni e probabilmente il paziente potrebbe avvertire la sensazione di dover evacuare.
Il paziente che si deve sottoporre all'esplorazione rettale dovrà svuotare intestino e vescica prima della procedura. Per questo motivo, il medico potrebbe prescrivere un lassativo o un clistere, per aiutare il paziente a svuotare interamente l'intestino.