L'intervento dipende ovviamente dalla natura della cisti, dalla sintomatologia, dalla localizzazione e dalle condizioni del paziente.
In linea di massima, una cisti semplice, al di sotto di una certa misura, non si opera, ma si osserva nel tempo. In alcuni casi, può essere necessario l'intervento chirurgico che consiste nel creare un'anastomosi (una comunicazione) fra la cisti e il tratto intestinale, intervento che può essere eseguito per chirurgia tradizionale, per via laparoscopica o anche robotica.