Talvolta può essere impossibile effettuare il test dell'alanina aminotrasnferasi, oppure i risultati ottenuti possono essere non indicativi. Le cause principali sono:
Il valore dell'alanina aminotransferasi (ALT) è utilizzato spesso assieme ai risultati del test di aspartato aminotransferasi (AST), o GOT (transaminasi glutammico ossalacetica) per ottenere il cosiddetto rapporto AST ALT. Questo valore spesso può essere utile per determinare se è presente un danno al fegato connesso a un abuso di alcool.
Nei bambini affetti da leucemia linfocitica acuta (ALL) , livelli molto elevati di ALT possono indicare che la malattia rischia di progredire rapidamente.
Molte condizioni diverse possono causare un aumento dei livelli ematici di ALT, di conseguenza spesso sono necessari altri esami per interpretare correttamente un risultato di ALT anormali.