Nello sviluppo embrionale di esseri umani e altri animali, lo stadio di zigote è breve ed è seguito dal clivaggio, cioè quando la singola cellula si suddivide in cellule più piccole.
Lo zigote rappresenta la prima fase dello sviluppo di un organismo geneticamente unico. Esso è dotato dei geni dei due genitori e quindi è diploide (cioè dotato di due set di cromosomi). L'unione dei gameti aploidi per produrre uno zigote diploide è una caratteristica comune nella riproduzione sessuale di tutti gli organismi, tranne dei batteri.
Lo zigote contiene tutti gli elementi essenziali per lo sviluppo dell’organismo, ma esiste solo come un insieme codificato di istruzioni localizzate nei geni dei cromosomi. Infatti, i geni del nuovo zigote non sono attivati per produrre proteine fino al compimento di diverse divisioni cellulari. Durante la scissione lo zigote si suddivide più volte in molte cellule più piccole attraverso il processo di mitosi (proliferazione cellulare per divisione). Queste cellule, chiamate blastomeri, porteranno allo sviluppo del futuro organismo.