Le ghiandole di Cowper sono composte da diversi lobuli ghiandolari collegati. Molti tubuli cavi si diffondono attraverso ogni lobulo e sono circondati da epitelio ghiandolare.
Una membrana fibrosa sottile circonda i lobuli per dare alle ghiandole una solida struttura. I molti lobuli si incontrano in un condotto che porta le secrezioni della ghiandola dall'uretra alla base del pene.
Le secrezioni prodotte dalle ghiandole di Cowper aiutano a proteggere gli spermatozoi che passano attraverso l'uretra durante l'eiaculazione. In risposta alla stimolazione sessuale prima dell'eiaculazione, le ghiandole di Cowper iniziano a produrre una secrezione mucosa alcalina conosciuta come pre-eiaculazione.
La pre-eiaculazione neutralizza urine acide che potrebbero essere ancora presente nella uretra, e la lubrificazione della stessa uretra e dell’uretrale esterna protegge lo sperma dai danni meccanici che potrebbero verificarsi con l'eiaculazione.