I protocolli sanitari sono delle linee guida con le quali, a seconda del tipo di attività svolta dal lavoratore, vengono indicati quali sono gli esami clinici e quale sia la frequenza a cui sottoporre il lavoratore al fine di mantenere sotto controllo il suo stato di salute, riferito ovviamente ai rischi correlati all'attività svolta.
Rappresentano quindi un ruolo fondamentale nella disciplina della medicina del lavoro e nella analisi dei rischi correlati all'attività lavorativa e alla sicurezza dei luoghi di lavoro. Ogni attività lavorativa, e soprattutto ogni ambiente di lavoro, è un caso particolare anche se può, in linea generale, essere individuato nelle varie categorie per le quali è stato stilato un protocollo sanitario.